포덕 39년(1898) 1월 2일 이었다. 당시 신사께서는 여주 전거론에 있었는데 노환으로 누워 일어나지 못하게 되자 성사 이하 중요 두목들이 신사를 모시고 그 곁을 떠나지 못하였다.

이때 이종훈이 여주에 와서 임순호에게『지금 권중천의 집에서 오는 길인데 오늘 새벽 군관이 권중천 형제의 집을 포위하고 권성좌를 체포하였으니 이리로 오기 전에 대책을 마련하라』고 하였다. 임순호는 곧 밤길을 걸어 전거론으로 가서 신사에게 이 사실을 말씀드렸으나 신사의 환후가 심한데다가 날씨도 춥고 폭설이 내려서 어떻게 할 방법이 없었다. 이 때 손병흠이 신사에게 피신할 것을 간청했으나 신사께서는『급즉완 (急則緩)』이라 하면서『일이 이미 이에 이르렀으니 이러한 경우에는 다만 천명을 기다릴 따름이라』하였다.

이튿날 (3일)아침 관군 20여명이 들이닥쳐 사태가 위급하게 되었다. 이때 해월신사댁에는 의암성사를 비롯해서 손병흠, 염창순, 임순호 등 4인이 있었고 울타리를 사이에 둔 아랫집에는 김연국, 김낙철, 김낙봉 등이 살고 있었는데 때마침 모두 출타하고 김낙철이 혼자 있었다. 병정 1명이 권성좌를 데리고 들어와서『최법헌과 손응구, 김치구는 어디 있느냐』고 물었다. 그러자 김낙철은『나는 은진인(恩津人)으로 지나가다가 5, 6일 전에 주인인 이모(김연국)가 이곳에서 훈학해달라고 하기에 머물러 있는 중인데 그런 사람은 모른다』하고『주인은 재작일에 성묘차로 광주에 갔다』고 하였다. 한편 신사댁에 들어간 병정들은 거칠게 수색하였다. 이때 의암성사가 병정에게 말하기를 『사대부의 집에 함부로 돌입함은 무례가 아니냐』하니 병정이 권성좌를 가리키며『이 자는 동학군으로 자기 선생댁이 이 집이라 하기에 동학괴수를 잡으러 왔노라』하므로 의암이 이에 목침을 들고 권성좌를 향하여『이놈아 너는 어떤 놈이관대 사대부의 집을 동학괴수의 집이라 무고하였느냐』하고 노한 눈으로 꾸짖으니 권성좌가 혼비백산하여 병정에게『내 잘못 보았노라』고 하였다. 병정들은 할 수 없이 권성좌를 앞세우고 두산(荳山) 밑에서 글방선생노릇을 하는 김상율의 집으로 갔다. 권성좌는 김상율을 가르키며 최법헌이라고 하자 그를 포박하고 고문을 가하였으나 법헌이 아님을 알고 다시 김연국의 집으로 왔다. 권성좌는고문에 못이겨 김낙철을 최법헌이라 하였다. 김낙철은 앞서 병정들이 왔다 갔을때 피신할 생각이 있었으나 신사와 대도를 위하여 대신하기로 결심하였으므로 체포되어 갔다. 김낙철은 그 후 여주와 이천을 거쳐 서울로 압송되었다가 수원으로 다시 이송 그 해 6월에 석방되었다. 한편 이 날 밤 의암을 비롯해서 손병흠, 김연국, 임순호 등 제자들이 서둘러 신사를 가마에 모시고 집을 빠져 나와 깊은 산에 들어서니 때는 추운 겨울이라 큰 눈이 골짜기에 차고 길이 험할 뿐 아니라 나무가 무성하여 향할 바를 알지 못하고 다만 한울을 우러러 탄식만 하고 있었다. 이때 문득 산 위에서 반짝반짝하는 작은 불빛이 보이므로 의암이 말하기를『이는 필시 나의 아우 병흠이 앞길을 찾아 먼저 가다가 담배를 피우는 것이라』하고 여러 사람을 재촉하여 산 위에 오르니 그것은 담뱃불이 아니라 큰 범의 안광이라 모두들 크게 놀래어 주저하였다. 범이 물러간 뒤 범 앉았던 곳에 가본즉 산길이 분명히 보이므로 길을 찾아 등을 넘어 산 밑 어느 조그만 집에 당도하였다. 병중의 신사를 속히 모시기 위해 주인을 찾았으나 대답이 없었다. 그러자 의암이 지팽이로 방문을 두드리며『밤중에 이렇게 다니는 사람이 누구인지 알 것이 아닌가. 냉큼 문 안열면 가만두지 않겠다』고 하자 그제서야 문을 열었다. 주인은 도둑인줄 알고 무서워 하였다. 준비해 갔던 밥을 끓이게 하여 시장기를 면한 뒤에 날이 밝자 지평군 갈현 이강수의 집에 이르러 며칠간 있다가 다시 홍천군서면제일동 오창섭의 집으로 갔다. 여기서 며칠동안 묵었다가 홍천동면 방아재에 있는 용여수의 집에 당분간 머루르다가 2월 그믐에 여주 임학선의 주선으로 원주군 송골 원진여의 집으로 이거하였다.